Tive pensamentos semelhantes aos das outras duas respostas aqui, mas tenho alguns comentários adicionais.
1) Se você planeja impedir apenas algumas notas de rodapé ou entradas de glossário de serem publicadas, a melhor opção é excluí-las semiautomaticamente no momento da publicação. Como @Phil_Leckrone disse, muitas ferramentas de publicação incluem alguma maneira de criar "Changes" (Alterações), onde você pode fornecer uma regra que ela aplica. Isso pode incluir regras como "excluir uma nota de rodapé que começa com estas certas palavras" ou "excluir a entrada do glossário com este termo específico".
2) Se você acha que haverá muitas dessas notas de rodapé/entradas de glossário, valerá a pena seu tempo configurar o uso de marcadores diferentes para diferenciar. Mas, ao contrário do que @LivingField disse, eu não recomendaria usar incorretamente um marcador existente (como \fe). Em vez disso, eu criaria um novo marcador em custom.sty com um nome como \zfapp ou \zfprint ou \z-f-app ou algo assim (não me lembro de cabeça se - é permitido em um nome de marcador). Começar o nome com \z é uma ótima maneira de avisar a todos de que "este é um marcador que estamos usando de forma não padrão".
Então, quando chegar a hora da impressão, você pode simplesmente definir \TextProperties publishable ou \TextProperties nonpublishable para obter os resultados desejados.
I had similar thoughts to the other two answers here, but have a few additional comments.
1) If you only plan on stopping a few footnotes or glossary entries from being published, then semi-manually deleting at the time of publication is the best option. As @Phil_Leckrone said, many publishing tools include some way of creating "Changes", where you can give it a rule which it applies. This can include rules like "delete a footnote that starts with these certain words" or "delete the glossary entry with this particular term in it".
2) If you think there will be a lot of such footnotes/glossary entries, then it will be worth your time to set up using different markers to differentiate. But unlike what @LivingField said, I wouldn't recommend using a pre-existing maker incorrectly (like \fe). Rather I'd create a new marker in custom.sty which is named something like \zfapp or \zfprint or \z-f-app or the like (I can't remember off the top of my head if - is allowed in a marker name). Starting the name with \z is a great way of warning everyone that "this is a marker we're using in a non-standard way".
Then, when it comes time for print, you can simply set \TextProperties publishable or \TextProperties nonpublishable to get your desired results.
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