Certifique-se de que está selecionando a pasta UM NÍVEL ACIMA do local onde seus arquivos USFM estão armazenados. O programa procura o equivalente a "My Paratext Projects", sob o qual há uma ou mais pastas com arquivos USFM.
Dito isso, é possível que um desenvolvimento recente (2.7.x) tenha causado uma regressão, então nos avise se ainda não estiver funcionando e podemos investigar mais a fundo.