¿Es una publicación diglota? Mirando el código de la diglota, parece que no tiene soporte para el control, a menos que esté oculto en otro lugar.
Si es una publicación monoglota, es posible que la interfaz de usuario necesite conectarse mejor con el interruptor. Si lo sospecha y se siente valiente, podría intentar insertar "\refbookmarkstrue" en el archivo ptxprint_mods.tex del proyecto.