.sfc было расширением, которое использовалось для проектов до того, как .sfm стало стандартом. Не должно быть проблем с тем, чтобы оставить расширения как .sfc.
Paratext устанавливает расширение для проекта в поле Typical File Name на вкладке Advanced в свойствах проекта. После создания проекта вы не можете изменить тип расширения изнутри Paratext.
Вы можете создать новый проект с расширением .sfm, а затем импортировать книги в проект. В новом проекте расширения должны стать .sfm.