.sfc era uma extensão usada para projetos antes de .sfm se tornar o padrão. Não deve haver problema em deixar as extensões como .sfc.
O Paratext define a extensão de um projeto no campo Typical File Name da aba Advanced nas Project Properties. Uma vez que um projeto foi criado, você não pode alterar o tipo de extensão a partir do Paratext.
Você pode criar um novo projeto com a extensão definida como .sfm e, em seguida, importar os livros para o projeto. No novo projeto, as extensões devem agora ser .sfm.