.sfc era una extensión utilizada para proyectos antes de que .sfm se convirtiera en el estándar. No debería haber ningún problema en dejar las extensiones como .sfc.
Paratext establece la extensión de un proyecto en el campo Nombre de archivo típico de la pestaña Avanzado en las Propiedades del proyecto. Una vez que se ha creado un proyecto, no se puede cambiar el tipo de extensión desde dentro de Paratext.
Puede crear un nuevo proyecto con la extensión establecida en .sfm y luego importar los libros en el proyecto. En el nuevo proyecto, las extensiones deberían ser ahora .sfm.