A resposta rápida é desativar a opção Mirror Pages (Páginas Espelhadas) na aba Layout:

Isso corrigirá a troca de lado das páginas, mas provavelmente você precisará sobrescrever manualmente as configurações do cabeçalho para obter o(s) script(s) apropriado(s) em cada combinação esquerda/direita (ou interna/externa). (Avise-me se precisar de ajuda com isso).
[Minha suposição é que, no futuro, precisamos repensar o que a configuração de espelhamento deve fazer e, possivelmente, dividi-la em 2 controles que gerenciam as páginas e as informações do cabeçalho separadamente.]
The quick answer is to turn OFF (disable) the Mirror Pages option on the Layout tab:

This will fix the pages swapping sides, but you will probably need to manually override the header settings to get the appropriate script(s) on each left/right (or inner/outer) combination. (Let me know if you need any assistance with that).
[My guess is that in future we need to rethink what the mirror setting should do, and possibly split it into 2 controls that control pages and header information separately.]
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