Alex,
Se você instalou o PT8 primeiro, a pasta é nomeada My Paratext 8 Projects. Quando o PT9 é instalado, ele usa essa mesma pasta. No entanto, se você não tiver uma pasta chamada My Paratext 8 Projects e instalar o PT9, o Paratext criará uma pasta chamada My Paratext 9 Projects.
Às vezes, é necessário excluir um recurso e reinstalá-lo para que o Paratext reconheça o recurso. Outra coisa a procurar é uma pasta chamada _resourcesByiD, que pode ser criada se houver recursos duplicados. Depois de verificar quais recursos estão armazenados lá, você pode fechar o Paratext, excluir a pasta e depois reinstalar quaisquer recursos necessários.