Hmm. Quando você diz material introdutório, você se refere a (a) introduções do material preliminar, (b) material introdutório no início do livro ou (c) material introdutório por capítulo?
Para (a), como o material preliminar normalmente não é extraído diretamente do Paratext, não se espera que seja necessário, então acho que os arquivos de alterações não são aplicados de forma alguma. Na verdade, não sei se o livro INT (e, portanto, o material periférico extraído com \zgetperiph) é processado.
Para (b) e (c)... mais complicado. Você pode *limitar* operações usando o prefixo "in". Por exemplo:
in "\\c 3([\S\s]*) \\v": "HELLO" > "Hello"
pode funcionar para limitar as alterações à introdução do Cap. 3. (Não verifiquei se [\S\s]* corresponde a tudo, acho que deve incluir quebras de linha, além de qualquer espaço normal/não-espaço, mas outros na lista provavelmente podem me corrigir)
Caso contrário...
Você pode usar o prefixo in para limitar alterações a certas partes do texto, assumindo que há porções únicas, ou, em vez de alterar a ortografia ou os marcadores, se você está tentando alterar o layout, por exemplo, adicionar marcadores aos parágrafos 3-5, isso pode ser feito com triggers e/ou hooks, que certamente funcionam na introdução.