Включение плагина через пользовательский интерфейс помогает пропустить ручной запуск проекта, но само по себе его включение ничего не делает (кроме как занимать часть памяти TeX и делать доступными дополнительные настройки). По-прежнему необходимо указать, какие колонки попадают на какие страницы (например, \polyglotpages{L,R}), и какова должна быть ширина колонок (шаг 2, как указано выше). Эти настройки должны быть в ptxprint-premods.tex, доступном из меню «Дополнительно».
Если под «второй конфигурацией диглота» вы имеете в виду страницы стилей и т. д. для «вторичного текста», то специальная конфигурация не требуется, если вы не хотите использовать более широкие поля, изменять размеры шрифтов и т. д.
Чтобы получить диглоты с несколькими колонками, как на изображении Марка, у вас должна быть доступна копия perl, чтобы вы могли запустить (командную) программу слияния, и по сути отказаться от графического пользовательского интерфейса.
Including the plugin via the UI helps skip the manual running of the priject but it being included does nothing in itself (except take up some of TeX’s memory and make additional configuation available). It is still necessary to speciy which columns go on which pages (\polyglotpages{L,R} for example), and how big the columns should be, (step 2 as given above). These settings should go in ptxprint-premods.tex available from the advanced menu.
If by ‘second diglot config’ you mean the styling etc. pages for the ‘secondary text’, there is no special configuration necessary unless you wish to use wider margins, alter font sizes, etc.
To get multi-column diglots as per Mark"s image, you must have a copy of perl available so that you can run the (command line) merge program, and basically abandon the graphical user interface.