Сложность создания пакета pypi заключается в том, что PTXprint — это приложение, а упаковка pypi действительно не подходит для включения всех вспомогательных каталогов данных, необходимых для PTXprint. Если вы хотите попробовать, мне было бы интересно узнать, если вам удастся что-то сделать.
При этом файл pyproject.toml подходит для установки из исходного кода. То есть: клонируйте репозиторий и выполните pip install -e . или что-то подобное. Если вы сделаете это, вы получите установку ptxprint в режиме без графического интерфейса (headless) без дополнительных компонентов GUI; если вам нужен GUI, вам понадобится что-то вроде pip install -e .[gui], но предупреждаю, что зависимости GUI значительны и не подходят для установки через pip, вам лучше использовать другие механизмы (ваш менеджер пакетов) для многих специфических зависимостей GUI.