Mmm. "File ended while scanning use of ...." es básicamente el resultado de un error de análisis (parsing); hay un error en el USFM (final) o en la forma en que se lee, donde algo espera un marcador de fin y no lo recibe.
Eso no te ayuda mucho, así que investigué un poco más: \@nxxt se usa como parte de una macro que obtiene el parámetro para un identificador como \h o \id, donde *cualquier* otro marcador termina el parámetro. (\h y \id no pueden ser seguidos por USFM general, solo por texto sin marcar).
Mi suposición es que tu SFM final termina con \h o \id, O hay un marcador dentro de \h o \id que espera un parámetro.
p. ej. \h algo \c <FIN DEL ARCHIVO>
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Explicación muy detallada:
Al procesar \h, leerá cada letra de "algo ", añadiéndolas al parámetro almacenado a su vez hasta que lea algo que no sea una letra simple. Esa no-letra se asigna a \@nxxt (la macro definida por \c ciertamente no es una letra simple). Entonces haría lo necesario con el parámetro "algo ", y luego ejecutaría la macro recordada \@nxxt.
\c (y por lo tanto \@nxxt) espera leer un número de capítulo terminado por un espacio (las nuevas líneas cuentan); si el archivo termina antes de que se encuentre ese número de capítulo y el espacio de marcado de fin, se activará el error.
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De manera similar, si lo primero después de \h / \id no es un estilo de párrafo, sino un \k, y no hay un \k* para marcar el fin de la palabra clave, terminarás con el mismo error. Hay algunas situaciones aún más extrañas, pero espero que esto sea suficiente como pista.
Necesitas leer con cuidado el SFM final (ver la pestaña ver/editar) para el glosario, compararlo con el glosario original y descubrir dónde está el problema.